Le prime testimonianze della presenza dell’uomo risalgono alla Preistoria e precisamente al Neolitico (circa 7000 anni fa), momento in cui le coste e il mare dell’attuale AMP erano coinvolti negli scambi transmarini dalla Sardegna verso il continente, soprattutto per il mercato dell’ossidiana sarda, con la quale venivano realizzati strumenti di vario tipo. Le isole dell’AMP ospitavano, nello stesso periodo, un mammifero lagomorfo (della stessa famiglia degli attuali conigli e lepri), il prolago (riconoscibile in due specie, Prolagus sardus a Tavolara e P. Figari a Capo Figari), che costituiva parte importante della dieta dell’uomo neolitico in Sardegna. L’uomo del Neolitico ha sicuramente abitato anche nella Grotta del Papa che ha continuato a essere frequentata, presumibilmente come luogo di culto, sino in Età Romana e oltre. Su una delle pareti della grotta sono state dipinte in ocra rossa, alla fine del Neolitico o agli inizi dell’Età del Rame (circa 5000 anni fa) alcune figurine umane che danzano. Nell’isola di Tavolara, inoltre, è stato scoperto, e in parte scavato dagli archeologi, un importante insediamento in capanne risalente anch’esso all’Età del Rame. La frequentazione delle isole e delle zone costiere, prosegue anche in Età Nuragica, presumibilmente in virtù dell’intensificarsi degli scambi commerciali tra le genti del Mediterraneo. Per le nostre acque sono transitati i Fenici, i Greci, i Cartaginesi e i Romani nell’ambito dei loro spostamenti da e per la città di Olbia, una delle più importanti dell’Occidente antico. All’Età Romana e precisamente al III secolo a.C. risale l’occupazione dell’isoletta di Proratora, mentre insediamenti di epoca romana sono noti anche nell’isolotto di Figarolo (pavimento di coccio tipico delle vasche di salagione del pesce) e a Tavolara (tracce di muratura, frammenti ceramici e sepolture). Questi e altri ritrovamenti fanno supporre che il territorio dell’AMP fosse utilizzato in questo periodo per controllare gli accessi al Golfo interno di Olbia e alle coste limitrofe. Stessa destinazione aveva probabilmente il cosiddetto Castello di Molara, risalente all’Alto Medioevo. Nei fondali che circondano le isole, infine, sono stati individuati un centinaio di giacimenti archeologici, tra i quali svariati relitti risalenti a diverse epoche, dall’Età Romana a quella medievale, dall’età moderna a quella contemporanea. La stessa continuità di vita si riscontra anche nell’entroterra dei territori dell’AMP, da Olbia a San Teodoro, passando per Loiri Porto San Paolo.